Ja, das ist kein Problem. Die Meldung sagt dir in diesem Fall nur, dass der Ordner 'Meshes' bereits besteht und dass bereits darin vorhandene Dateien überschrieben würden, wenn du im Folgenen auf 'ok' klickst. Da allerdings keine andere Mod einen Pfad wie Nexons Assassinenrüstung hat, passiert da nichts.
Aufpassen musst du zum Beispiel beim Modmanager. Wenn du dort zwei Files aktiviert hast, die beide die selbe Mesh liefern, die sich außerdem noch im selben Pfad befindet. Falls du nun eines der Files deaktivierst, wird auch die Mesh gelöscht, sodass dem anderen File diese Mesh fehlt und dir nur ein gelbes Ausrufezeichen angezeigt wird.
Wenn du allerdings alles manuell installierst und dann wieder löschst, weißt du ja selbst was du eventuell noch übrig lassen musst, weil eine andere Mod darauf zugreift.