SDC beinhaltet, zwar ans Deutsche angepasst, aber technisch unverändert, die Originalversionen der Patches. Daher ist es recht unwahrscheinlich, dass Features nicht mehr funktionieren, seitdem SDC installiert ist. Oftmals ist es die Ladereihenfolge, fehlende Scripts oder eine andere Mod, die dazwischenfunkt und dadurch eine Funktion nicht mehr gegeben ist. Genauso ist es ziemlicher Unsinn, dass sich eine Mod "selber deinstalliert".
Fehlersuche, gerade bei Nutzung sehr vieler Mods, ist mühsam, zeitintensiv und erfordert sehr viel Konzentration und man muss wissen, was man tut. Wer viele Mods benutzt, kommt meiner Meinung nach nicht umher, Spezialprogramme zu verwenden und zu beherrschen. TES5Edit, Wrye Bash und eventuell auch BOSS (ja, da bin ich mir manchmal nicht soooo sicher) gehören in die Werkzeugtasche jeden Modders und Modusers, der viele Mods benutzt.
Deshalb: Bevor SDC für etwas verantwortlich gemacht wird am besten die Originale ausprobieren.
Genaue Auskunft kann aber nur das Entwicklerteam geben. Wie gesagt kann ich es mir nicht vorstellen, dass an der reinen Funktionalität des SDC verglichen mit den Originalpatches irgendetwas geändert wurde.