@ Drullo321:
Zu Deinem Problem kann ich Dir explizit leider nichts sagen, da ich selber bis auf einige Minuten Tests noch nicht wieder Skyrim gespielt habe sondern seit Wochen bei der Anpassung meiner Mods bin.
Aber:
Wie ich sehe, benutzt Du NMM 0.43.2. Diese Version ist wie die meisten der 0.40er Reihe total verbuggt, schau Dir mal die Meldungen der User im Open Beta Forum an!
http://forums.nexusmods.com/index.php?/tracker/project-3-mod-manager-open-beta/
Die aktuelle Version 0.43.2 schreibt z.B. Override-Dateien nicht zurück. Wenn Du z.B. Skyrim + DLCs installierst und dann den SDC per NMM aktivierst (SDC überschreibt 6 STRING files) und danach SDC deaktivierst, dann sind die 6 Vanilla STRING-Dateien WEG!!! Ja, kein Scherz, dies sei ein bekannter Bug, der im nächsten Release von NMM beseitigt sei. Ein früheres Release von NMM (seitdem das Ding angefangen hat, den Cache-Ordner vollzuballern) hat sich geweigert, eine upgedatete Mod zu installieren. Anstatt die neue Mod-Datei zu verwenden, wurden immer die Informationen aus der Cache-Datei verwendet (ich verschone euch mit Details, dieser Bug ist zum Glück behoben. Bis ich rausgekriegt habe, woran das lag, hab ich Tobsuchtsanfälle ohne Ende gehabt).
Was ich damit sagen will ist, daß bei der Verwendung des aktuellen NMM immer damit zu rechnen ist, daß irgendein neuer, bizarrer Bug zutage kommt. Meiner Meinung nach entwickelt sich dieses einst tolle Programm immer mehr in Richtung "Unbrauchbar". Die Version, auf die ich mich verlasse, ist die 0.34.0, die läuft stabil und tut, was sie tun soll. Sie beitet zwar den einen oder anderen Schnickschnack weniger, aber ich kann mich auf die essentiellen Funktionen verlassen.
Wenn sich also eine Mod mal nicht so verhält, wie sie soll, kann es durchaus am NMM liegen.