Neben den jeweils linken Feldern siehst du sicherlich die Pfeile, einer nach oben, einer nach unten. Mit diesen kannst du Position, Rotation und Skalierung um den rechts angegebenen Wert ändern; der Pfeil nach oben, erhöht den Wert, der Pfeil nach unten senkt ihn.
Soweit ich weiß richten sich die Werte nach dem, was du unter "Preferences" bei "SnapToGrid" und "SnapToAngle" angegeben hast, sofern diese aktiviert sind. Sonst ist der Wert meines Erachtens immer 1. Warum der Wert sich nach dem Schließen des Reference-Windows wieder zurücksetzt, weiß ich jedoch nicht. Das ist bei mir aber nicht anders.