Das Problem hier ist, dass MO eben keine Dateien überhaupt in den eigentlichen Skyrim-Ordner ablegt, sondern "virtuelle Verzeichnisse" (sogenannte Softlinks) verwendet. All die Tipps, die dir hier bisher gegeben wurden, beziehen sich aber darauf, direkt mit den jeweiligen Ordnern, beispielsweise dem Data-Verzeichnis zu arbeiten. Das funktioniert aber so nicht und führt, wie du nun selbst schon gemerkt hast, zu Chaos. Und du willst dazu noch viel zu viel viel zu schnell auf einmal. Das klappt so ebenfalls nicht... sein Spiel einigermaßen sinnvoll zu modden, hat eine Lernkurve, die je nach verwendeten Mods und Tools um selbige zu nutzen immer etwas steiler wird. Deshalb: langsam anfangen.
Und das zweite Problem ist hier: wenn jemand nicht wirklich Erfahrung mit dem ganzen Kram hat, dann kann man ihm, gerade bei Tools, die man selbst nicht benutzt, auch nur schwer helfen, wenn diese quasi solche "Sonderwege" gehen. MO2 ist letztlich ein Werkzeug für fortgeschrittene Nutzer - auch wenn es diverse Dinge kann, die nützlich sind, hilft das alles wenig, wenn schon der grundlegende Basiszweck nicht erfüllt wird. Also mein Tipp: vergiss MO - zumindest erstmal. Vergiss auch Vortex, denn das nutzt das gleiche Virtuelle Verzeichnissystem und macht es ebenfalls schwerer, dir bei deinen Problemen zu helfen. Mein zweiter Tipp: hau den ganzen Kram noch einmal komplett von der Festplatte. Nicht nur mittels Steam das Spiel deinstallieren, sondern auch hinterher den Installationsordner löschen und alles neu installieren. Installiere NMM. Nur den NMM. Dann such dir eine einfach aufgebaute Mod, die idealerweise nur aus einer ESM oder ESP (das ist die Mod) und einer BSA (das sind die in der Mod verwendeten Ressourcen) besteht (Alternative Start - Live Another Life wäre ein Beispiel). Kümmere dich nicht um die Übersetzung davon oder SKSE oder SkyUI oder sonst irgendwas, sondern installiere einfach diese eine Mod mittels NMM (idealerweise mit der "Install with NMM" Funktion vom Nexus). Und dann startest du das Spiel und kuckst, ob das funktioniert hat (sollte bei Live Another Life recht schnell auffallen). Wenn das gut klappte, lädst du dir genau auf die gleiche Art die Übersetzung dazu runter. Und testest wieder. Dann, wenn das alles gut klappte, siehst du dir die Anforderungen der Mods an, die du dann auch wirklich später nutzen willst. Zuerst installierst du der Einfachheit wegen die Mods, die weder SKSE noch SkyUI noch sonst irgendwas brauchen. Und immer wieder zwischendurch testen. Wenn das dann alles funktioniert... und ich meine wirklich funktioniert, dann reden wir über SKSE, SkyUI und so weiter.