String im String suchen mit RegEx(Regulären Ausdrücken)

Hallo Leute!
Ich bin grade dran eine Methode zu schreiben die es mit ermöglicht eine txt Datei einzulesen, diese in einen String zu packen und dann nach DNA Fetzen(Genome) zu durchsuchen, deren Position zu ermitteln und ausgeben zu lassen.

Die Datei einzulesen ist kein Problem und die RegEx Definition hab ich auch schon. Nur das Problem ist es jetzt die Methode String.indexOf() zusammen mit RegEx zu verbinden.

Die Datei hat 4,6 Mil. Zeichen.
Habe es auch schon mit Pattern und Matches versucht bin aber auf kein schönes Ergebnis gekommen.

Hat da jemand eine Idee?

Grüße DerBaehr

Nein kein Bioinfo Wirtschaftsinfo

Hab das Problem gelöst mein RegEx war falsch.

Aber die Ketten bestanden aus:
ATTGCTTTTGATGTTTTAGACATGAAGTCCTTGCCCATACTTATCTCCTGAATGGTACTGCTTAGGTTTT
CTTCTAGGGTTTTTATTGTTTTAGGTCTAACGCTTAAGTCTTTAATCCATCTTGAATTAATTTTTGTATA
AGGTGTAAGGAAGAGATCCAGTTTCAGCTTTCTACATATGGCTAGCCAGTTTTCCCAGCACCATTTATTA
AATAGGGAATCCTTTCCCCATTGCTTGTTTTTCTCAGGTTTGTCAAAGATCAGATAGTTGTAGATATGTG
GCGTTATTTCTGAGGGCTCTGTTCTGTTCCATTGATCTATATCTCTGTTTTGGTACCAGTACCATCCTGT

Und String.indexOf() sucht nach einem String und gibt die position zurück wo es gefunden wurde.

Aber danke!