Wenn die aktualisierte Mod auch eine OMOD Datei liefert, deaktivierst du die ältere Version und aktivierst die neue. Zusätzlich achtest du noch darauf, dass die aktualisierte Version auch wieder an der richtigen Stelle in der Ladereihenfolge steht.
Wenn keine OMOD Datei mitgeliefert wurde, kannst du dir selbst eine erstellen und gehst vor wie Oben beschrieben.
Oder, du deaktivierst die ältere Version, installierst die aktualisierte Mod ohne OMOD, aktivierst im OBMM die aktualisierte Version und prüfst die Ladereihenfolge.
In jedem Fall solltest du immer zuerst die ältere Version im OBMM deaktivieren. Dadurch werden die Dateien aus der Mod aus dem Spiel entfernt, vor allem die, die ersetzt/aktualisiert werden sollen.
Die Sache hat allerdings einen Haken:
Es kann sein, dass du eine Mod hast, die Dateien aus eben dieser Mod die du aktualisierst überschreibt, aus welchen Gründen auch immer.
Aktualisierst du nun die erste Mod, überschreibt sie natürlich auch die Dateien aus der anderen Mod. Du musst also irgendwie herausfinden, ob evtl noch eine Mod berücksichtigt werden muss und diese dann wieder über die aktualisierte installieren.
Ist etwas tricky das Ganze und lässt sich eigentlich nur sauber lösen in dem man sich notiert, wann man welche Mod installiert hat, ob sie Dateien anderer Mods überschreibt, an welcher Stelle die jeweilige Mod geladen werden muss, etc pepe.
Man muss also quasi ein Mod-Installations-Protokoll führen. Das mag sich lästig und zeitaufwendig anhören, wenn man aber mal bedenkt wie viele Stunden man mit einer zerschossenen Installation zubringen kann um einen Fehler zu finden, relativiert sich das ganz schnell wieder. Mit einem Installationsprotokoll kann man schnell prüfen, ob und welche anderen Mods man bei einem Update zu berücksichtigen hat.
Zusätzlich empfiehlt es sich, vor jeder Mod-Installation, vor jeder Aktualisierung, Änderung der Ladereihenfolge, ein Backup vom Spiel anzulegen.