Das Stock-Game Folder bei Wabbajack heisst nur, das du diese Dateien in das Skyrim Verzeichnis kopieren musst.
Dieses sind meistens die ENB und die Dinge von Engine Fixxes, die nicht in den Data Ordner gehören.
Kezyma's Root Builder for Mod Organizer at Skyrim Special Edition Nexus - Mods and Community (nexusmods.com)
Die Bedienung ist folgendes : Nachdem du das Plugin installiert hast, kannst du ganz normal Mods erstellen. Alles was in den Skyrim System Ordner reinsoll, musst du in den Ordner 'Root' packen.
Alles was nicht im Ordner Root ist, wird in den Data Ordner geschrieben.
ich habe das so gemacht, das ich Skyrim SE neu installiert habe, das Creation Kit + SKSE (Ohne Scripte) installiert, und den Rest über MO2 mache.
Auf die Weise habe ich immer eine saubere neue Skyrim SE Installation, und kann mir nichts kaputtmachen.
Rootbuilder speichert beim ersten Start den Ordner von Skyrim SE ohne den Data Ordner, und kopiert die Daten nach beenden entsprechend zurück.
Selbst wenn dir der MO2 mal dabei abstürzt, hast du den Original Zustand beim nächsten Versuch wieder.
Allerdings gibt es ein kleinen Nachteil: Der Start dauert etwas länger, deswegen sollte man Skyrim und MO2 auf einer schnellen SSD haben.
PS: Das funktioniert übrigens mit allen Spielen die der MO2 unterstützt.