Metroid

Am Anfang werden die Supercomputer der Marines (die aus dem zweiten Teil^^) mit einem Virus infiziert. Deshalb werden Samus und ein paar andere Kopfgeldjäger auf die GFS Olympus gerufen. Dort erhält man den Auftrag die Computer mit einem Gegenmittel zu heilen. Doch genau dann wird das Schiff angegriffen. Man muss sich durch das Schiff kämpfen und danach auf den Planeten Norion. Dort muss man die Generatoren der Basis der GF wieder aktivieren, damit die Verteidigungssysteme wieder funktionieren. Doch dann taucht eine Phazonbombe auf, die auf den Planeten zufliegt und ihn zu zerstören droht. Deshalb muss man nach dem aktivieren der Generatoren zu einer Kanone, um die Bombe abzuschießen. Dort trifft man allerdings auf die Dunkle Samus, die die Kopfgeldjäger mit Phazon infiziert. Zwar kann man die Bombe aufhalten, aber man ist danach mit Phazon verseucht. Nachdem man aus einem wochenlangen Koma aufwacht, bekommt man den Auftrag, die anderen Jäger zu suchen, die andere bereits verseuchte Planeten vom Phazon befreien wollen.