Gibt es bei dir den Eintrag bLoadLooseFiles=1 in deiner Ini? Es könnte sonst sein, dass Files z.B. im Ordner \textures und \meshes nicht geladen werden.
In dem Fall ist es geradezu kontraproduktiv, die Default-Ini zu haben, die in keinster Weise irgendwie aufs Modding und PC-Hardware optimiert ist.
Aber sonst sollten Dateien richtig angezeigt werden, sofern du diese am richtigen Ort hast. Das funktioniert an sich wie in HTML, das Dateien mit einem Pfad aufruft und anzeigt. Bei nicht gefundener Datei zeigt ein Browser ein Icon an, Fallout rote Ausrufezeichen.
bsa haben an sich die selbe Dateistruktur, wie du im Data-Ordner hast: \meshes\armor\armorx. Zuerst werden die bsas nach der Ladereihenfolge der esp/ems geladen, wobei nachfolgende höhere Priorität haben. Wenn bLoadLooseFiles aktiv ist, haben die Dateien, die sich ausserhalb einer bsa befinden, höchste Priorität und so funktionieren die meisten Replacer.
Ich glaube nicht, dass diese grossen Mods falsche Pfade drin haben, das muss wahrscheinlich daran liegen, dass die Ordner oder bsa nicht am richtigen Ort sind oder die genannte Variable nicht aktiv ist.