Man cleant deshalb nicht alle Mods untereinander, weil man damit Änderungen "wegcleant" die nötig wären, wenn sich die Modreihenfolge, die Modzusammensetzung oder auch einfach nur der Inhalt einer Mod ändert. Oder anders gesagt: cleanst du all deine Mods zusammen, schaffst du eine indirekte Abhängigkeit zu jeder einzelnen deiner ESM/ESP-Dateien und zu deren aktueller Ladereihenfolge. Kurzes Beispiel: Mod xyz nimmt in Version 1.0 eine Änderung vor, die von dir gewünscht ist. Mod abc, der danach geladen wird, nimmt diese Änderung ebenfalls vor. Du cleanst alle Mods zusammen, also erkennt xEdit, dass Mod xyz die Änderung schon vorgenommen hat und entfernt sie von Mod abc. Der Autor von Mod xyz überlegt sich aber mit Version 1.0a, dass diese Änderung für den Umfang seiner Mod unnötig war und entfernt sie in einem Update. Folge: du bist aufgeschmissen - und zwar bis zu einem Punkt, der Mod abc gänzlich funktionsunfähig machen kann. Und alle Mods, die auf den Änderungen noch weiter aufgebaut haben, haben natürlich das gleiche Problem. Ein ähnliches Drama kann in diesem Fall auch schon das ändern der Ladereihenfolge von 2 Mods auslösen. Ich würde also absolut davon abraten, Mods gegen etwas anderes als ihre expliziten Masterdateien zu cleanen. Das ist wie bewusst in einen rostigen Nagel zu treten. Kann gut ausgehen, kann schlimm ausgehen - da man aber nichts davon hat, sollte man besser drauf verzichten
Und ein ITM Record kann natürlich Auswirkungen auf das Spiel haben, nämlich dann, wenn eine vorher geladene Mod den selben Record absichtlich ändern möchte oder muss. Kann sie dann nämlich nicht.
Mods cleanen ist weit mehr als eine nette Beschäftigung um sein Spiel performanter laufen zu lassen und Ladezeiten zu verkürzen, es ist in der Tat die Basis dafür, sein Spiel vernünftig mit Mods ausstatten zu können und muss, um diesen Zweck auch erfüllen zu können, schon auch richtig gemacht werden.
Loot erkennt zwar unsaubere Mods, aber nur, wenn die Daten auch von irgendwem in die Datenbank eingepflegt wurden. Bei neuen Mod-Versionen, unbekannteren Mods und so weiter kann man sich auf diese Angaben schlicht nicht verlassen.