Vorsicht Spoiler!
Man bekommt Nachricht von Admiral Hackett, der Shepard darum bittet, Dr. Amanda Kenson aus den Fängen der Batarianer zu befreien. Durch den Fund eines Reaperartefakts wurde ihr durch eine Vision gezeigt, dass in 2 Tagen eine Invasion der Reaper stattfinden soll. Weil es sich um eine Geheimmission handelt, wird Shepard allein zu diesem Einsatz geschickt.
Nach einigen Feuergefechten kann man sie befreien und flieht mit ihr auf einen Asteroiden, den sie und ihr Team in das Massenportal schleudern wollen. Nachdem Kenson Shepard das Artefakt zeigt, wird auch ihm die Vision der Reaper gezeigt. Allerdings stellt sich heraus, dass sowohl Kenson, als auch ihr gesamtes Team bereits durch das Artefakt indoktriniert wurden und sich gegen Shepard stellen. Nach einem harten Kampf wird Shepard letztendlich überwältigt und ruhiggestellt. Das Betäubungsmittel zeigt kaum Wirkung auf Shepard und schließlich erwacht er nach den 2 Tagen. Ihm bleiben nur noch ein paar Stunden um den Asteroiden in das Massenportal zu schleudern und es damit zu vernichten. Nachdem er sich durch die Station gekämpft hat und die Antriebsdüsen aktiviert hat, stellt er in einer letzten Konfrontation Dr. Kenson, die sich in die Luft sprengt um Shepard aufzuhalten. Nach einiger Zeit kommt er wieder zu sich, nur um zu merken, dass ihm kaum Zeit zur Flucht bleibt. Seine letzte Chance ist eine Funkstation, die sich außerhalb der Station befindet. Dort kann er schließlich die Normandy kontaktieren, die ihn abholen soll. Plötzlich erscheint eine Projektion des Vorboten, die Shepard mitteilt, dass seine Versuche, die Reaper aufzuhalten, bedeutungslos sind, und dass dieser kleine Sieg nichts an der Zukunft ändern wird.
Am Ende kann Shepard mit der Normandy flüchten und der Asteroid zerstört das Massenportal. Die Invasion wurde verhindert... vorerst.
In der Nachbesprechung auf der Krankenstation, zu der Hackett persönlich erscheint, stellt sich heraus, dass alle 300.000 Bewohner der Batarianer-Kolonie getötet und das gesamte System zerstört wurde und dass sich Shepard eines Tages dafür zu verantworten hätte, auch wenn es das Richtige war...