Ich persönlich tendiere zu der Azura Theorie. Aufbauend darauf habe ich eine eigene Theorie entwickelt die sich gegebenenfalls abenteuerlich anhört aber irgendwie passend ist:
1.
Die Dwemer, nennen wir sie Zwerge hatten in dem Herz Lhorkan eine mächtige Waffe die auch gegen die gottgleichen Daedra wirksam sein könnte. Da die Zwerge wie wir wissen nicht von ihrem Vorhaben ließen und weiterhin unter Leitung von Kagrenac mit diesem Herzen experimentierten, ja sogar einen eigen Gott erschaffen wollten kam es im Verlauf der Geschichte dann zum Krieg der mit der Schlacht am Roten Berg seinen Höhepunkt und sein Ende fand.
Es wurde zwar vermutet, dass die Zwerge durch das Herz dematerialisiert wurden aber dies wurde nie entgültig bewiesen. Wahrscheinlicher ist das Azura sie in eine andere Ebene verbannte.
Nach der Schlacht bildete sich wie wir wissen das Tribunal dem anfangs auch die Daedra noch neutral gegenüberstanden. Später aber verrieten vier der Daedra
(Malacath, Gott der Rache
Mehrunes Dagon, Gott der Zerstörung
Molag Bal, Gott der Zwietracht und Versklavung
Sheogorath, Gott des Wahnsinns
das Tribunal und wanden sich von ihm ab. Jetzt wissen wir aber auch, dass nicht alles von den Zwergen verschwunden ist. In den Ruinen finden sich Geister, in dem Corprusarium finden wir sogar ein letztes lebendes Exemplar und auch unter Gramfeste in einer Dwemer Ruine haust einer der Geister.
Daraus kann man ableiten, dass zwischen der Ebene der verschwundenen Zwerge und Morrowind ein geistiges oder spirituelles Band vorhanden sein kann über das die Zwerge immer noch Kontakt und Kenntnisse haben von den Abläufen in Morrowind. Sie haben eine damals schon überlegene Technik gehabt die sie wohl sicherlich weiter ausbauen konnten.
So ist es ihnen dann gelungen zuerst über diese geistige Brücke einige Dinge wieder nach Morrowind zu bringen (ggf. über Einwohner die dem geistigen und/oder mentalen Einfluß der Zwerge unterworfen wurden und die jetzt daran gehen die Rückkehr der Zwerge vorzubereiten).
Nach den mental übertragenen Bauplänen beginnen sie mit dem Bau von Dimensionstoren ähnlich denen die wir in Oblivion finden damit durch diese die Zwerge wieder zurückkehren können. Es kann sogar sein das ein kleines Tor bereits in Betrieb ist. Dies bleibt natürlich den Daedra nicht verborgen und sie setzen alles daran diese Arbeiten zu stoppen und bereits teleportierte Zwerge aufzuspüren und sie jetzt erst einmal auf Morrowind zu vernichten. Dabei trachten sie auch danach mindestens eines der Tore, wenn schon vorhanden, in Besitz zu nehmen um die Zwerge dann auch auf deren Ebene auszulöschen.
Klingt jetzt sehr abenteuerlich aber was ist bei einem Fantasie RPG nicht abenteuerlich? Und es wäre eine halbwegs plausible Hintergrundstory