Das überrascht mich nicht. In Oblivion waren die Wassertexturen damals in der Haupt-Esm gespeichert, ich gehe davon aus, dass es sich in Skyrim ebenso verhält. Ohne Skyrim.esm existiert dann folglich nur das Default Water und das hat keine Textur, weil sie ja nicht festgelegt ist. Ich hab einmal nachgesehen und die Stelle gefunden, an der die Wassertexturen definiert werden. Du findest sie im Object-Window unter World-Data -> WaterType. Da einfach das Wasser richtig einstellen, wenn du es trotz Unabhängigkeit mit der Skyrim.esm kompatibel halten willst, solltest du nicht das Default-Water verwenden sondern einen anderen Namen. Spontan hab ich übrigens noch festgestellt, dass die Lava zwar existiert aber zumindest im Editor nur weiß bleibt, vielleicht gehen auch ein paar andere Texturen nicht.
Damit der Himmel Farbe erhält, musst du ihn zuerst im CK einschalten, damit du ihn siehst. Das geht oben in der Leiste direkt neben der allgemeinen Beleuchtung (Glühbirne) der Sky-Button, danach kannst du im selben Fenster wie die Wassertextur den Himmel ändern unter "Use Climate Data". Climate wird ebenfalls im Object Window unter World Data definiert. Dort braucht man Texturen für Sonne, Sonnenglanz, Sterne und ein paar andere Sachen, die ich allerdings spontan weder definieren kann noch sagen kann, wo man sie einstellt. Am besten siehst du es dir einmal in der Skyrim.esm an, falls du es unabhängig machen willst und folglich deine eigenen Sachen erstellen musst.