Firefly spielt 500 Jahre in der Zukunft (2517). Die Menschheit hat sich, nachdem die gute alte Erde ausgebeutet war, in alle wortwörtlich Himmelsrichtungen verstreut und auf anderen Planeten nieder gelassen. Ein Teil dieser Planeten wurde terraformed um sie bewohnbar zu machen, andere waren schon von sich aus für Menschen bewohnbar.
Die im Zentrum dieser Galaxis stehenden Planeten formierten eine Allianz und waren der Meinung diese auf alle anderen Planeten ausdehnen zu müssen. Daraus entwickelte sich ein Bürgerkrieg zwischen Allianz und den Randplaneten, den die Allianz dank größerer Anzahl und besserer Feuerkraft gewann.
Die neue Regierung hat sich eingelebt, die Randplaneten versuchen so zu existieren, wie es nun einmal geht und in dieser Situation findet der Zuschauer die Besatzung der Serenity, eines Firefly-Klasse Transporters vor, die eigentlich nur versuchen zu überleben. Dazu nehmen sie (nahezu) jede Form von Auftrag an, transportieren Passagiere von A nach B, schmuggeln Waren und überfallen auch schon mal Züge. Ja, Züge, wie erdgebundene Transportfahrzeuge auf (Magnet) Schienen. In der ersten, gesendeten Folge,"The Train Job", erlebt der Zuschauer nämlich einen klassischen Zugraub. Ok, nicht ganz klassisches, da die Räuber nicht per Pferd, sondern Raumschiff kommen. Das muss man gesehen haben.
Jedes Besatzungsmitglied hat eine bestimmt Rolle. Malcolm Reynolds hat das Kommando als Captain - er ist ein desillusionierter Kreigsveteran der der Vereinigung der Planeten durch der Allianz bisher vergebens entgegensetzte. Bemühend, normal zu sein, muß er alle seine Mannschaftsmitglieder auf Aufgabe sicher halten und Fliegen Serenity haben. Zoe (der Soldat) ist gegenüber Reynolds extrem loyal, sie diente mit ihm während des Krieges und verdankt ihm ihr Leben. Zoe hat die Kraft und die Erfahrung, falls nötig, das Kommando über das Schiff zu übernehmen. Ihr Ehemann, Wash ist der Pilot der Serenity. Er ist ein unnahmbarer, mit sich selber unzufrieden, ruhiger Mann mit Sinn für Humor. Die Mechanikerin des Schiffs ist die erfahrene Ingenieurin, Kaylee. Inara ist ein Companion und der loyale unangenehme Jayne ist ein ehemaliger Söldner. Simon ist der Doktor auf der Serenity und kommt von einer wohlhabenden und privilegierten Familie. Seine Schwester, River ist ein erfahrenes Medium, das fast jeden Verstand lesen kann. Und schlussendlich, Book oder "The Shepherd", ein alter und weiser Priester.
