Generell gibt es drei Szenarien, bei denen du auf die Ladereihenfolge achten musst:
1) Alte Spielstände, wenn du das Spiel neu installierst oder neue Plugins installierst
2) Wenn zwei Plugins das gleiche Element ändern würden. Das sind die Mods von denen du sprachst, die in ihren Beschreibungen sagen, dass sie vor oder nach anderen Mods in der Ladereihenfolge stehen müssen. Diesen Hinweis geben Mod-Autoren aber nur, wenn ihnen ein Konflikt auch bekannt ist. Viele Mods verursachen Konflikte, ohne dass den Autoren das bekannt ist. Bei hunderten von Mods, die es für Skyrim mittlerweile gibt, ist es auch unmöglich geworden, zuverlässig zu überprüfen, welches Mod welche Änderungen von welchem anderen Mod überschreibt.
3) Ein Sonderfall ist noch, dass manche Mods die Existenz bestimmter Plugins voraussetzen können. So können Scripte zum Beispiel auf Elemente aus anderen Plugins zugreifen wollen. Das geht natürlich nur, wenn das referenzierte Mod als ESM-Datei vorliegt und dessen IDs eindeutig sind. Wenn jemand in seinem Script versucht, Serana mit der ID "01002B74" anzusprechen, dann wird das nur funktionieren, wenn Dawnguard Nummer 1 in der Ladereihenfolge ist. In solch einem Fall wird der Autor aber sicher sagen, welche Plugins Voraussetzung für sein Mod sind.