Hmm, merkwürdig.
Zuerst: Das Häkchen bei
Essential ist entscheidend, ob ein NPC oder eine Kreatur unsterblich ist.
Die Einstellung als QuestItem bewirkt bei NPCs und Kreaturen, dass deren Leichen nach ihrem Tod nicht automatisch nach den üblichen 72 Std. entfernt werden. Sie bleiben für immer liegen. Außerdem soll diese Einstellung angeblich bewirken, dass ihre AI mit höherer Priorität abgearbeitet wird. Einen merklichen Unterschied konnte ich allerdings noch nie feststellen.
Möglicherweise wird eine nachträglich im CS vorgenommene Änderung der Essential-Einstellung im Spiel nicht übernommen? Mit Sicherheit weiß ich, dass das bei "Can Corpse Check" so ist. Ich hatte einmal einen NPC mit dieser Einstellung und mich nach einigen Tests dann entschieden, sie wieder zu entfernen. Im Spiel zeigte das allerdings keine Wirkung. Ich musste auf einen älteren Spielstand zurückgreifen, in dem der fragliche NPC in meiner Mod noch nicht vorhanden war.
Langer Rede kurzer Sinn: Die o.g. Einstellung wird im Spielstand gespeichert und bleibt danach immer so, wie sie am Anfang war. Ob das bei Essential ebenso ist, weiß ich wie gesagt nicht genau. Wäre allerdings der einzige Reim, den ich mir auf das von Dir beschriebene Problem machen kann.
Anm.: Man kann die Essential-Einstellung nachträglich per Skript mittels
SetEssential ActorBase 0 bzw. 1 umschalten, aber das ist hier ja nicht die Frage.