Khajiit-Fan: Linux ist sehr viel weniger anspruchsvoll, was boot-Anforderungen angeht als Windows. Du hast also gute Chancen, das hinzukriegen. Spontan fällt mir dazu ein, im Bios die Bootreihenfolge auf USB, HDD1 zu stellen fals das geht. Falls das nicht geht, könntest du probieren, eine kleine primäre Partition als Boot-Partition anzulegen. 100 MB sind dafür mehr als genug. Auf diese Partition kommt ein Bootmanager (vorzugsweise Grub), der je nach Auswahl entweder Windows von der HDD startet oder Linux von der Externen. Ich bin mir allerdings nicht sicher, ob Grub mit USB klar kommt. Das sollte man vorher nachschauen.
Kannst ja auch nen Link zu deiner Anleitung posten
Edit: hab kurz gegoogelt und gesehen, dass der Ubuntu Installer auf externe Festplatten installieren kann. Setzt aber vorraus, dass dein BIOS von USB booten kann. Da ubuntu ohnehin eine sehr empfehlenswerte Distribution sein soll (habs selber noch nie ausprobiert, bin mit gentoo viel zu zufrieden
) würde ich dir empfehlen, das mal auszuprobieren.