Es kommt darauf an mit welchem Programm dies gemacht wird.
Die meisten Programme, auch Freeware haben eine Sicherungsautomatik die bei einem Abbruch durch den Benutzer eine gerade begonnene Aktion noch zu Ende bringen und das Ergebnis in einer LogDatei speichern damit später die Defragmentierung erfolgreich weitergeführt werden kann.
Anders ist es wenn bei einem Abruch der unkontrolliert durch einen Stromausfall entsteht die Defragmentierung beendet wird.
Von Datenverlust ist mir nichts bekannt, allerdings wird es besser sein nach dem Neustart erst eine Defragmentierung normal durchlaufen zu lassen um dem Schreib-Lesekopf der Festplatte unnötiges Rotieren nach der Suche von Dateifragmenten zu ersparen.