Eigentlich sollten alle offiziellen Plugins mit der GotY kompatibel sein. Wichtig ist, dass die Inhalte des Downloads (Meshes, Textures, Sounds, ...) in die entsprechenden Unterordner vom "Data Files"-Ordner im Morrowind-Hauptverzeichnis entpackt werden - entweder direkt oder erst irgendwo anders hin entpacken und dann "per Hand" in die Ordner kopieren. Die .esp-Datei muss sich dabei auch bei "Data Files" befinden.
Anschließend müssen die Mods nur noch bei Zusatzdateien im Launcher aktiviert werden. Dann sollten sie normalerweise laufen...