Ich sehe da kein Problem, habe die Mod schon länger mit den Patches zusammenlaufen und keine Probleme damit gehabt. Bei der Reihenfolge denke ich mal, es ist egal ob man
Patch 1
Choice 1
Patch 2
Choice 2
vorgeht oder
Patch 1
Patch2
Choice 1
Choice 2
Primär geht es ja darum, dass - wenn die gleichen z. B. Scripts bearbeitet werden - die Version nicht überschrieben wird, die man unbedingt im Spiel braucht, will heißen, hauptsache, die Patches sind vor den choiceisyours.esps, in welchem Abstand ist nicht entscheidend (und das ja auch nur, wenn sich da wirklich was überschneidet).