Generell sollte das Problem nicht von Enhanced Landscapes und anderen kommen. Die verbessern die Landschaft, aber sie verschieben keine Vanilla-Türen. Wenn es da mal Konflikte gab, dann zwischen Enhanced Landscapes und Mods, die neue Häuser einfügen. Glorious Doors macht Türen hübscher, aber sie verschiebt Vanilla-Türen wahrscheinlich nicht.
Wenn ein Objekt nicht an der Position ist, die es haben sollte, dann hat jemand die Türe im CK oder per Script verschoben, letzteres ist allerdings unwahrscheinlich. Oder die Türe ist tatsächlich nicht geändert, aber die Landschaft, sonst würde es die Konsole ja zeigen. Es kann sein, dass jemand irrtümlich da was machte.
Wenn man allerdings aus irgendeinem Grund eine Tür ersetzen wollte, dann würde man es so machen, dass man die alte Türe in den Boden verschiebt und die neue an den richtigen Ort setzt.
Wenn ich dich wäre, würde ich mit der Referenz-ID in XEdit suchen, da sieht man auch, welche Mods an der betreffenden Zelle herumschrauben. Wenn eine Mod davon ein Landscape-Objekt ändert, dann würde ich die mal testweise abstellen. Ich bezweifle, dass LOOT da einen schlimmen Konflikt sieht, wenn eine Tür am richtigen Ort ist, aber in derselben Zelle die Landschaft geändert wird. Diese Änderungen können genauso gut gerechtfertigt sein, sieht man aber nur im CK oder im Game.