Um auf die Überschrift des Threads einzugehen: Im CK = Creation Kit werden gewiss keine Mods/PI's aktiviert (lassen wir mal den Begriff "Addon" unter den Tisch fallen, das ist noch etwas anderes als eine Mod/ein PI).
Im Launcher von Morrowind hieß der Menüpunkt "Zusatzdateien", bei Oblivion "Spieledateien", jetzt bei Skyrim nennt man es "Datendateien".
Sofern du eine Mod installiert hast, die eine esm- oder esp-Datei beinhaltet, musst du diese im Launcher im Menüpunkt "Datendateien" aktivieren.
So genannte Replacer haben oft keine solche Datei, die musst du in der Tat einfach nur in deinen Data-Ordner kopieren und benötigen keine Aktivierung.
Der NexusModManager (NMM) erledigt das für dich, ohne dass du dich per Hand abmühen musst.
Nachdem er die Mod downgeloadet hat, musst du diese im Tab "Mods" aktivieren, indem du das 2. blaue Symbol von oben in der linken Spalte klickst.
Übrigens: Der NMM kann auch Mods installieren, die nicht im Nexus mit dem Manager downloadbar sind. Dafür einfach den 1. blauen Button "Add Mod from File" benutzen, und die zuvor downgeloadete Mod (im gepackten Zustand) auswählen.
Der Vorteil des NMM, sofern man ihn benutzt, ist die Möglichkeit, Mods aufs einfachste wieder zu deaktivieren/löschen, ohne lange manuell nach den dazugehörigen Dateien im Data-Ordner suchen zu müssen.
Edit: Mist...zu spät.