Die fehlen nicht, sondern es sieht eher aus, als wären die Normals teils verdreht. An solchen Stellen wirkt die Mesh durchsichtig, selbst wenn DOUBLE SIDED (entspricht der NiStencilProperty in NIFskope) aktiviert ist.
Blender berechnet Texturen nämlich immer in Richtung der Normals, also nur einseitig, während NIFskope bei aktiver Stencil auch die verdrehten Normals (eigentlich die Innenseiten) mit Textur darstellt.
CTRL+ N sollte das Problem beheben. Falls nicht, erstmal Duplicates mit W, 6 entfernen. Dann nochmal alles markieren und CTRL+ N drücken.
Wenn das immer noch nicht funzt, hast Du 2 Varianten:
1. Es sind Non- manifold Meshes. Dort lassen sich die Normals nicht mit CTRL+ N nach außen berechnen, einfach weil Blender dabei nicht weiß, was außen ist.
Non- manifold- Bereiche findet man im EDIT MODE über SELECT > NON- MANIFOLD heraus (Achtung: auch Außenränder werden markiert).
2. Es fehlen tatsächlich Faces. Das sieht man am besten im FACE SELECT Mode.