Es geht im wesentlichen darum, wie der Nerevarine in den Konflikt zwischen Morrowinds jungem, skrupellosen König Helseth und der, wie sich letztendlich herausstellt, in ihrer Machtgier wahnsinnig gewordenen Tribunalsgöttin Almalexia hereingezogen bzw. darin zu ihren jeweiligen Zwecken instrumentalisiert wird. Handlungsorte sind die Hauptstadt Gramfeste, einschließlich den darunter liegenden Ruinen von Alt-Gramfeste sowie kurz Sotha Sils Stadt der Uhrwerke.