Zu deiner ersten Frage weiß ich auch leider nicht, was das bedeuten soll. Bei mir funktionierte das immer schon so, auf allen PCs, auf denen ich Morrowind je gespielt habe. Wenn es diese Funktion gibt, war die bei mir jedenfalls stets aktiviert.
Zu deinem Edit: Das kommt ganz auf das Plugin an. Alles, was in Morrowind
neu eingefügt wird, seien es Replacer, Gegenstände, Orte und so weiter, können in ein laufendes Spiel eingebunden werden. Alles, was bestehende Orte, NPCs, Quests und so weiter
verändert, können zu Fehlern führen. Dabei liegt die Betonung auf
können.
In der Regel gibt es kein Problem, wenn du z.B. bereits in der Balmora-Magiergilde warst und dann ein PI drauflädst, welches diesem Raum ein neues Buch hinzufügt. Hat dieses Buch aber Galbedir bei sich und hast du sie vielleicht getötet, dann kann es zu dem Fehler kommen, dass sie ein zweites mal erscheint oder das Buch gar nicht auffindbar ist. Ich denke, du verstehst was ich meine.
Insbesondere bei Plugins mit vielen komplexen Scripten oder welchen, die das Kampfsystem oder die Charaktererschaffung beeinflussen, muss ein neuer Charakter gestartet werden.
Plugins, mit denen du aber schon gespielt hast, kannst du dagegen nicht so einfach wieder deaktivieren, aber das nur am Rande.
Generell kann man aber sagen, dass die meisten Plugins auch während des Spiels eingebunden werden können. Du solltest dir aber unbedingt die Readme durchlesen, die dem jeweiligen Plugin beigelegt wird. Dort steht nämlich immer, ob das Plugin einfach so aktiviert werden kann und was du sonst noch so beachten muss. Also, Readme lesen, dafür ist sie ja da.
//Edit @ giebi unter mir: Das kann natürlich sein. Auch ich schaue mir immer so an, welche Dateien die jeweilige Mod so mitbringt und passe mir das Ganze gegebenenfalls gleich zu Beginn an.