Ich würde sagen, du exportierst die Animation alleine (ohne Modell) - einmal das Öffnen als "open" und einmal das Schließen als "close". Dann exportierst du das Modell (ohne Animationen) und fügst die Animationen in NifSkope hinzu.
Allerdings kenne ich mich mit Animationen nicht so aus. Könnte also kompletter Unsinn sein^^