Dieses Problem ist möglicherweise völlig simpel.
Es könnte daran liegen, dass in einer Quad-Zelle bereits genug Texturen vorhanden sind. Sind vier Bodentexturen in einer dieser Zellen ist diese praktisch aufgefüllt und somit kann keine neue Textur eingefügt werden, stattdessen wird die Textur gepaintet, die prozentual am Meisten anzutreffen ist.
Drückst du im Render Fenster auf "i", kannst du ein paar dir unnötig erscheinende Texturen löschen.