Um genau zu sein liegt das ganze daran, dass die Bloodmoon- und Tribunal-Masterdatein so ausgelegt sind, dass sie nur auf die Morrowind.esm zugreifen, das führt dann zu Konflikten bei den Dialogen, die Warnmeldeungen die so hervorgerunfen werden haben aber wie bereits mehrfach erwähnt keinen Einfluss auf das Spiel oder das, was im CS erstellt wird.
/edit: @Sid: Man muss Tribunal zwar zuerst installieren, um das Spiel überhaupt zum laufen zu bringen, aber die Fehlermeldungen resultieren nicht daraus, sondern aus oben genanntem Problem.